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在单细胞蛋白质组学(SCP)研究中,样品制备是决定后续质谱分析质量的 “第一道关卡”—— 传统方法依赖手动挑取单细胞、流式分选单细胞、微量试剂移液,常面临 “细胞捕获效率低(<80%)、蛋白损失严重(回收率不足 60%)、批次差异大(CV>15%)” 三大痛点,尤其对稀有细胞(如肿瘤循环细胞、干细胞)或微量蛋白(如信号通路关键因子)分析,更是因制备偏差导致数据失真,制约研究深度。...

要实现高分辨率的空间组织蛋白质组,需要对优化的样品处理、色谱和质谱采集进行仔细的平衡和整合。在本文中,我们提出了一种用于降低损耗的组织处理的先进cellenONE方案,并比较了所有Evosep ONE Whisper Zoom梯度(每天20、40、80和120个样本),以及timsUltra AIP质谱仪上的三种常见DIA采集方案。我们发现,在确定蛋白质组覆盖率方面,组织类型与梯度长度和样本量同样重要。此外,增加组织采样的益处具有梯度和动态范围依赖性。分析小鼠肝脏,一个高动态范围的组织,超过十倍的组织采样...

这项研究采用... 单细胞蛋白质组学分析前列腺癌耐药细胞异质性。 优化的 cellenONE 方案可分离大型多非整倍体 DRC。 鉴定了三种与大小和功能性状相关的蛋白质组学 DRC 亚型。 揭示了与刚果民主共和国侵袭性相关的关键表面标志物和 TF。 提供有关耐药性、复发和转移风险的目标和见解。...